Taman nasional way kambas Berada pada ketinggian antara 0—50 m dpl dengan topografi datar sampai dengan landai, kawasan ini mempunyai 4 (empat) tipe ekosistem utama yaitu, ekosistem hutan hujan dataran rendah, ekosistem hutan rawa, ekosistem mangrove, ekosistem hutan pantai.
Penciri utama dari keberadaan ekosistem tersebut ditandai dengan formasi vegetasinya. Selain itu terdapat juga tipe-tipe ekosistem peralihan seperti ekosistem riparian. Ekosistem tersebut terbentuk dikarenakan terjadinya perubahan dari satu ekosistem ke ekosistem lainnya. Sebagai contoh adalah formasi vegetasi dari daerah darat ke air.
Ekosistem hutan hujan dataran rendah mendominasi di daerah sebelah barat kawasan. Daerah ini terletak pada daerah yang paling tinggi dibandingkan dengan lain. Jenis yang mendominasi adalah meranti (Shorea sp), rengas (Gluta renghas), keruing (Dipterocarpus sp), puspa (Schima walichii) dan banyak jenis lain. Ekosistem tersebut rata-rata mempunyai tingkat keanekaragaman hayati yang cukup tinggi, dengan stratum tajuk yang lengkap, sehingga jenis flora dan faunanya cukup beragam
Ekosistem riparian di way kambas bukan ekosistem lazim yang telah dikenal selama ini. Ekosistem ini berada pada zona peralihan antara air dan darat, sehingga belum dikategorikan kedalam ekosistem yang ada. Dengan semakin luasnya wilayah atau badan air persatuan tempat, maka kemungkinan semakin besar ekosistem tersebut. Beberapa jenis yang biasa terdapat pada zona peralihan antara lain putat, dan beberapa jenis tanaman merambat/liana.
Ekosistem hutan pantai di way kambas atau lebih dikenal pantai saja, ini dicirikan dengan kondisi lingkungan yang terletak di dekat laut namun tidak mendapat genangan baik air laut dan tawar. Dengan jenis tanah biasanya didominasi oleh pasir. Ekosistem hutan pantai ini khususnya terletak di sepanjang pantai timur Taman Nasional Way Kambas. Salah satu penciri hutan pantai antara lain ketapang (Terminalia cattapa), cemara laut (Casuarina equisetifolia).
Ekosistem hutan mangrove/payau di way kambas terletak disekitar pantai dimana terdapat pergantian/salinasi antara air asin dan tawar secara teratur. Umumnya terletak disepanjang pantai timur kawasan TN Way Kambas. Ekosistem ini mempunyai peran atau manfaat nyata dalam mendukung sumber kehidupan manusia. Sebagai tempat hidup dan berkembang biak bagi jenis-jenis ikan dan udang laut. Sehingga menjaga tingkat ketersediaan suplai ikan dan biota lainnya. Di sekitar Pantai TN Way Kambas telah berdiri ratusan bagan yang dipergunakan untuk menangkap cumi, pemasangan jaring untuk menangkap ikan sekitar pantai, dengan demikian hal tersebut merupakan tanda bahwa dengan adanya TN Way Kambas memberikan lingkungan laut yang baik sehingga biota laut dapat hidup dengan baik.
Ekosistem hutan rawa di way kambas terutama menempati pada daerah sekitar sungai terutama terletak di wilayah timur kawasan. Ekosistem tersebut terbentuk karena adanya daerah atau wilayah yang tergenang air tawar relatif lama yang dikarenakan wilayah tersebut lebih rendah dari wilayah sekitarnya. Jenis tanah tersebut mempunyai tingkat keasaman yang cukup tinggi, proses dekomposisi relatif lama. Tingkat keanekaragaman hayati cukup tinggi. Satwa jenis burung lebih suka pada ekosistem hutan rawa. Jenis dominan untuk hutan rawa antara lain Nephenthes atau kantung semar, Palm merah, pandan dan nibung. Salah satu ciri utama vegetasi rawa mempunyai akar lutut dan tunggang.
